Quân đội Đàng Trong được chia thành các đơn vị cơ, đội, thuyền. Thuyền là đơn vị nhỏ nhất, mỗi thuyền có từ 20 – 80 người. Từ 3, 5 đến 10 thuyền tập hợp lại thành một đội, do Đội trưởng hoặc Cai đội đứng đầu; nhiều đội tập hợp thành một cơ do Cai cơ hoặc Chưởng cơ đứng đầu. Tuy vậy, ít khi dưới cơ là đội mà phần lớn dưới cơ là thuyền. Hầu hết từ 3 thuyền trở lên làm một cơ, số lượng người của một cơ đôi khi bằng một đội. Ngoài ra, có một số trường hợp dưới cơ, đội chỉ có một thuyền, như trường hợp thủy quân dinh Quảng Bình có cơ Hữu nhị là thuyền Thạch xá 57 người.
